class CytoscapeGraphDrawer(AbstractXMLRPCDrawer, AbstractGraphDrawer): (源)
使用 CytoscapeRPC 将图发送/接收到 Cytoscape 的绘图器。
此图绘图器使用 Cytoscape 通过 CytoscapeRPC 进行协作。您需要首先安装 CytoscapeRPC 插件,然后从 Cytoscape 中相应的“插件”子菜单启动 XML-RPC 服务器(默认为端口 9000)。
图、顶点和边属性在可能的情况下(即当 Python 类型和 Cytoscape 类型之间存在合适的映射时)会传输到 Cytoscape。如果 Python 类型没有合适的 Cytoscape 类型,绘图器将在 Cytoscape 侧使用字符串属性,并对 Python 属性调用str()。
如果在 Cytoscape 侧要创建的属性已存在但类型不同,则会在属性名称后附加一个下划线以解决类型冲突。
您可以使用此类的network_id属性来找出使用此绘图器绘制的最后一个图的网络 ID。
静态方法 | infer |
返回一个 Cytoscape 类型,该类型可用于表示values中的所有值,以及一个经过适当转换的values副本,该副本适用于 XML-RPC 调用。请注意,Cytoscape 中的字符串类型用作通用类型;如果没有其他类型适合,属性值将被转换为字符串,然后发布到 Cytoscape。 |
方法 | __init__ |
使用给定 URL 处的 Cytoscape XML-RPC 接口构造一个 Cytoscape 图形绘图器。 |
方法 | draw |
将给定图作为新网络发送到 Cytoscape。 |
方法 | fetch |
从 Cytoscape 获取具有给定名称的网络。 |
实例变量 | network |
未文档化 |
实例变量 | server |
未文档化 |
实例变量 | service |
未文档化 |
静态方法 | _resolve |
解析给定的 URL,将主机名解析为 IP 地址,并返回一个包含已解析 IP 地址的新 URL。这大大加快了 Mac OS X 上的速度,否则每次 XML-RPC 调用都会执行 IP 查找。 |
继承自 AbstractGraphDrawer
(通过 AbstractXMLRPCDrawer
)
静态方法 | ensure |
辅助方法,确保 layout 是 Layout 的实例。如果不是,该方法将尝试根据以下规则将其转换为 Layout |
静态方法 | _determine |
返回给定图的边必须被绘制的顺序,假设相关关键字参数(edge_order和edge_order_by)在kwds中以字典形式给出。如果两者皆无edge_order... |
静态方法 | _determine |
返回给定图的顶点必须被绘制的顺序,假设相关关键字参数(vertex_order和vertex_order_by)在kwds中以字典形式给出。如果两者皆无... |
返回一个 Cytoscape 类型,该类型可用于表示values中的所有值,以及一个经过适当转换的values副本,该副本适用于 XML-RPC 调用。请注意,Cytoscape 中的字符串类型用作通用类型;如果没有其他类型适合,属性值将被转换为字符串,然后发布到 Cytoscape。
None条目允许在values中,它们在 Cytoscape 侧将被忽略。
将给定图作为新网络发送到 Cytoscape。
参数 | |
graph | 未文档化 |
name | Cytoscape 中网络的名称。 |
create | 是否在 Cytoscape 中为网络创建视图。默认值为True. |
*args | 未文档化 |
node | 指定要在 Cytoscape 中使用的节点标识符。这必须是顶点属性的名称,或一个列表,为图中的每个节点指定一个标识符。默认值为None,它只使用每个顶点的顶点索引。 |
从 Cytoscape 获取具有给定名称的网络。
从 Cytoscape 获取网络时,顶点的canonicalName属性和边的属性默认不进行转换。使用keep_canonical_names参数也可以检索这些属性。
参数 | |
name | Cytoscape 中网络的名称。 |
directed | 网络是否为有向。 |
keep | 是否保留由 Cytoscape 自动添加的canonicalName顶点/边属性 |
返回 | |
一个适当构建的 igraph Graph 。 |