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使用 CytoscapeRPC 将图发送/接收到 Cytoscape 的绘图器。

此图绘图器使用 Cytoscape 通过 CytoscapeRPC 进行协作。您需要首先安装 CytoscapeRPC 插件,然后从 Cytoscape 中相应的“插件”子菜单启动 XML-RPC 服务器(默认为端口 9000)。

图、顶点和边属性在可能的情况下(即当 Python 类型和 Cytoscape 类型之间存在合适的映射时)会传输到 Cytoscape。如果 Python 类型没有合适的 Cytoscape 类型,绘图器将在 Cytoscape 侧使用字符串属性,并对 Python 属性调用str()

如果在 Cytoscape 侧要创建的属性已存在但类型不同,则会在属性名称后附加一个下划线以解决类型冲突。

您可以使用此类的network_id属性来找出使用此绘图器绘制的最后一个图的网络 ID。

静态方法 infer_cytoscape_type 返回一个 Cytoscape 类型,该类型可用于表示values中的所有值,以及一个经过适当转换的values副本,该副本适用于 XML-RPC 调用。请注意,Cytoscape 中的字符串类型用作通用类型;如果没有其他类型适合,属性值将被转换为字符串,然后发布到 Cytoscape。
方法 __init__ 使用给定 URL 处的 Cytoscape XML-RPC 接口构造一个 Cytoscape 图形绘图器。
方法 draw 将给定图作为新网络发送到 Cytoscape。
方法 fetch 从 Cytoscape 获取具有给定名称的网络。
实例变量 network_id 未文档化

继承自 AbstractXMLRPCDrawer

实例变量 server 未文档化
实例变量 service 未文档化
静态方法 _resolve_hostname 解析给定的 URL,将主机名解析为 IP 地址,并返回一个包含已解析 IP 地址的新 URL。这大大加快了 Mac OS X 上的速度,否则每次 XML-RPC 调用都会执行 IP 查找。

继承自 AbstractGraphDrawer (通过 AbstractXMLRPCDrawer)

静态方法 ensure_layout 辅助方法,确保 layoutLayout 的实例。如果不是,该方法将尝试根据以下规则将其转换为 Layout
静态方法 _determine_edge_order 返回给定图的边必须被绘制的顺序,假设相关关键字参数(edge_orderedge_order_by)在kwds中以字典形式给出。如果两者皆无edge_order...
静态方法 _determine_vertex_order 返回给定图的顶点必须被绘制的顺序,假设相关关键字参数(vertex_ordervertex_order_by)在kwds中以字典形式给出。如果两者皆无...
def infer_cytoscape_type(values): (源)

返回一个 Cytoscape 类型,该类型可用于表示values中的所有值,以及一个经过适当转换的values副本,该副本适用于 XML-RPC 调用。请注意,Cytoscape 中的字符串类型用作通用类型;如果没有其他类型适合,属性值将被转换为字符串,然后发布到 Cytoscape。

None条目允许在values中,它们在 Cytoscape 侧将被忽略。

def __init__(self, url='https://:9000/Cytoscape'): (源)

使用给定 URL 处的 Cytoscape XML-RPC 接口构造一个 Cytoscape 图形绘图器。

def draw(self, graph, name='Network from igraph', create_view=True, *args, **kwds): (源)

将给定图作为新网络发送到 Cytoscape。

参数
graph未文档化
nameCytoscape 中网络的名称。
create_view是否在 Cytoscape 中为网络创建视图。默认值为True.
*args未文档化
node_ids指定要在 Cytoscape 中使用的节点标识符。这必须是顶点属性的名称,或一个列表,为图中的每个节点指定一个标识符。默认值为None,它只使用每个顶点的顶点索引。
def fetch(self, name=None, directed=False, keep_canonical_names=False): (源)

从 Cytoscape 获取具有给定名称的网络。

从 Cytoscape 获取网络时,顶点的canonicalName属性和边的属性默认不进行转换。使用keep_canonical_names参数也可以检索这些属性。

参数
nameCytoscape 中网络的名称。
directed网络是否为有向。
keep_canonical_names是否保留由 Cytoscape 自动添加的canonicalName顶点/边属性
返回
一个适当构建的 igraph Graph
network_id = (源)

未文档化